بداية يتوجب توضيح بعض المصطلحات و المفاهيم قبل الخوض في التفاصيل. التمييز الجنسي بين الأنثى و الذكر من الناحية الدماغية ليس بهذه البساطة. الشائع بين العامة أن الذكر هو الإنسان الذي لديه قضيب و أن الأنثى هي الإنسانة التي لديها مهبل ولكن هذا التوصيف محدود جداً و لا يغطي جميع التوجهات و الهويات الجنسية التي قد ينتمي إليها الدماغ.

عند المعاينة الدماغية نجد أن تحديد الجنس موضوع مركب أكثر من أن يتم عن طريق الأعضاء التناسلية فقط. الهوية الجنسية للدماغ غير مبنية على نوع الأعضاء التناسيلة بل بالافرازات الهرومونية التي يتعرض إليها الجنين أثناء الحمل.